Unter dem Begriff Geometrieanalyse im REM werden Verfahren zusammengefasst, welche die Messung von Positionen, Abständen, Höhen, Winkeln, Oberflächenformen, Volumina von Proben und daraus abgeleiteten Werten ermöglichen. Zunehmende Bedeutung haben dabei Techniken, welche 3D-Informationen von Mikrostrukturen erfassen und analysieren.
Die Verwendung kalibrierter Elektronik, die Aufnahme und Prozessierung quantitativer Signale und die Integration effizienter 3D-Software hat die Anwendung von Geometrie- und Topografiemessungen am REM vereinfacht und führt gleichzeitig zu einer höheren Genauigkeit der Messergebnisse.